El LES puede afectar prácticamente a cualquier órgano, por eso decimos que es sistémico, haciéndolo en forma de brotes, durante los cuales el paciente puede padecer entre otros síntomas, dolores musculares y articulares, pérdida de peso, fiebre, cansancio, manchas en la piel tras exposición solar, etc. Estos brotes, distintos en cada paciente, se pueden presentar de forma grave o leve, en intensidad y duración y se combinan con períodos de remisión durante los cuales el paciente está asintomático.
Las afectaciones más frecuentes son las renales, cardíacas, pulmonares, articulares, neurológicas y cutáneas. En cada brote puede presentarse uno o varios síntomas. Podemos decir dada su diversidad, que cada paciente padece un lupus diferente.